สำนักบริหารงานคลัง มีหน้าที่และอำนาจ ตามประกาศคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการและหน้าที่และอำนาจ
ของส่วนราชการในสังกัดสำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2563 ดังนี้
(1) ดำเนินการเกี่ยวกับการบริหารงบประมาณของสำนักงาน ป.ป.ช.
(2) ศึกษา วิเคราะห์ พัฒนาระบบ เพื่อวางระเบียบ มาตรฐาน หลักเกณฑ์และวิธีปฏิบัติในการดำเนินการเกี่ยวกับการเงินและการบัญชีของสำนักงาน ป.ป.ช.
(3) ดำเนินการเกี่ยวกับงานการเงินและการบัญชีทั้งเงินในและนอกงบประมาณ และเงินกองทุนต่าง ๆ
(4) ดำเนินการเกี่ยวกับการรับเงิน การจ่ายเงิน และการเก็บรักษาเงินของกองทุนป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ
(5) ให้คำปรึกษา ข้อเสนอแนะและนิเทศงานด้านการบริหารงบประมาณ การเงิน การเบิกจ่าย และการบัญชีแก่หน่วยงานภายใน สำนักงาน ป.ป.ช.
(6) ประสานงานและปฏิบัติงานอื่นตามที่คณะกรรมการ ป.ป.ช. หรือสำนักงาน ป.ป.ช. มอบหมาย ตลอดจนสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง